Η διοίκηση της κρητικής ομάδας ως ελάχιστη αναγνώριση της τεράστιας προσφοράς του στην ομάδα, πριν την έναρξη του κρίσιμου αγώνα με τον Κολοσσό, έδωσε στον έμπειρο προπονητή μία ανθοδέσμη, την ίδια ώρα που ο κόσμος του πρόσφερε το πιο ζεστό του χειροκρότημα.

Ο Κουφός ανέλαβε τον ΑΓΟΡ το 2003 και με εκπληκτικό ρεκόρ (22-2) στον 2ο όμιλο Νότου της Γ’ Εθνικήςοδήγησε την ομάδα στην άνοδο. Η επόμενη χρονιά ήταν εξίσου ιδανική με τον ΑΓΟΡ να κατακτά τον τίτλο στη Β’ Εθνική με ρεκόρ 21-5, ανεβαίνοντας στην Α2 Κατηγορία. Εκεί ο ΑΓΟΡ στην πρώτη του παρουσία στάθηκε άτυχος, αφού με ρεκόρ 21-9, έχασε την άνοδο σε ισοβαθμία με το Αιγάλεω. 

Ωστόσο την επόμενη χρονιά αν και τερμάτισε ξανά 3ος (ρεκόρ 19-11) ο ΑΓΟΡ πανηγύρισε την ιστορική άνοδο στην Α1, λόγω της αδυναμίας συμμετοχής του πρωταθλητή Σπόρτιγκ. Η χρονιά αυτή ήταν ονειρική, αφού πέραν της ανόδου ήρθε και η ιστορική συμμετοχή στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας (ήττα με 87-48 από τον πανίσχυρο Παναθηναϊκό). Στην πορεία μέχρι τον τελικό το Ρέθυμνο απέκλεισε μεταξύ άλλων Πανιώνιο και ΠΑΟΚ, ενώ στους διπλούς ημιτελικούς πήρε το “εισιτήριο” απέναντι στον Κολοσσό Ρόδου (73-74, 85-60). 

Τη σεζόν 2007-2008 άρχισε η παρουσία του ΑΓΟΡ στην Α1, αλλά ολοκληρώθηκε η πρώτη και γεμάτη επιτυχίες θητεία του Στέργιου Κουφού, τον Νοέμβριο του 2007. Η επιστροφή του Κουφού στην τεχνική ηγεσία της ομάδας έγινε το 2010 και κράτησε μέχρι το 2013.