Ο Φούντας ξεκίνησε την καριέρα του από την ΑΕΚ. Έκανε ντεμπούτο με την πρώτη ομάδα στις 8 Απριλίου 2012 στην εκτός έδρας με τον ΠΑΣ Γιάννινα, αγωνιζόμενος για 33 λεπτά.
Δύο αγωνιστικές αργότερα (στις 22/04/2012) κατέγραψε και την πρώτη συμμετοχή στο αρχικό σχήμα της ομάδας, αγωνιζόμενος ολόκληρο το ενενηντάλεπτο στο ματς με τη Δόξα Δράμας όπου μάλιστα είχε και την πρώτη του ασίστ.
Στην εκτός έδρας αναμέτρηση του ΟΦΗ με τον Ατρόμητο κατέγραψε την 381η εμφάνισή του σε επίπεδο συλλόγων, αγωνιζόμενος σε Ελλάδα (ΑΕΚ, Πανιώνιος, Αστέρας Τρίπολης, ΟΦΗ), Αυστρία (Σάλτσμπουργκ, Λίφερινγκ, Γκρέντινγκ, Πέλτεν, Ραπίντ Βιέννης), Γερμανία (Σόνενχοφ Γκρόσασπαχ), ΗΠΑ (Ντι Σι Γιουνάιτεντ) και Τουρκία (Τράμπζονσπορ).
Το παρθενικό του γκολ το πέτυχε στις 28 Οκτωβρίου 2012 στην αναμέτρηση του Ολυμπιακού σταδίου της ΑΕΚ με τον Πλατανιά για την όγδοη αγωνιστική του πρωταθλήματος της Super League. Για την ιστορία, η ΑΕΚ είχε επικρατήσει της Χανιώτικης ομάδας με 1-0 χάρη στο γκολ του Φούντα στο 66 λεπτό (μετά την ασίστ του Ρότζερ Γκερέιρο.
Δηλαδή άνοιξε λογαριασμό στο σκοράρισμα κόντρα σε ομάδα της Κρήτης (Πλατανιάς) και σημείωσε το εκατοστό με τη φανέλα ομάδας της Κρήτης (ΟΦΗ). Συνοπτικά οι εμφανίσεις και τα γκολ στην καριέρα του Ταξιάρχη Φούντα σε όλες τις διοργανώσεις, σε επίπεδο συλλόγων:
➣ Super League (Ελλάδα): 137 εμφανίσεις – 20 γκολ
➣ Κύπελλο (Ελλάδα): 22 εμφανίσεις – 6 γκολ
➣ Super Cup (Ελλάδα): 1 εμφάνιση – 0 γκολ
➣ Bundesliga (Αυστρία): 96 εμφανίσεις – 39 γκολ
➣ MLS: 38 εμφανίσεις – 18 γκολ
➣ Süper Lig (Τουρκία): 29 εμφανίσεις – 2 γκολ
➣ 3. Liga (Γερμανία): 14 εμφανίσεις – 1 γκολ
➣ ÖFB-Cup (κύπελλο Αυστρίας): 9 εμφανίσεις – 6 γκολ
➣ Türkiye Kupasi (κύπελλο Τουρκίας): 6 εμφανίσεις – 4 γκολ
➣ 2. Liga (Αυστρία): 6 εμφανίσεις – 0 γκολ
➣ Württemberg Cup (κύπελλο Βυρτεμβέργης – Γερμανία): 2 εμφανίσεις – 0 γκολ
➣ Προκριματικά Europa League: 4 εμφανίσεις – 3 γκολ
➣ Europa League: 11 εμφανίσεις – 1 γκολ
➣ Προκριματικά Champions League: 4 εμφανίσεις – 0 γκολ
➣ Conference League: 1 εμφάνιση – 0 γκολ
➣ Super Cup (Ελλάδα): 1 εμφάνιση – 0 γκολ
