Ο Παπαπαναγής ξεκίνησε τη συνεργασία του με τον ΟΦΗ τον Ιούλιο του 2019 και αποτέλεσε παρελθόν από την ομάδα του Ηρακλείου τον Μάρτιο του 2021 όταν ανέλαβε την τεχνική ηγεσία ο Νίκος Νιόπλιας.
Η επόμενη αγωνιστική περίοδος τον βρήκε στο πλευρό του Σάββα Παντελίδη στο τεχνικό επιτελείο της Λαμίας, ενώ την περασμένη σεζόν ήταν πρώτος προπονητής στον Πανιώνιο (Γ’ Εθνική).
Πλέον επιστρέφει στους πάγκους της μεγάλης κατηγορίας ως βοηθός του Κώστα Μπράτσου. Η λιτή ανακοίνωση της Θεσσαλικής ΠΑΕ αναφέρει σχετικά:
«H ΠΑΕ Βόλος ανακοινώνει την έναρξη της συνεργασίας της με τον Περικλή Παπαπαναγή ο οποίος αναλαμβάνει χρέη βοηθού προπονητή.»
