Ο Κουκουδάκης είχε αναλάβει την τεχνική ηγεσία της Ακαδημίας Ποδοσφαίρου Σούδας στα μέσα Μαΐου 2021 αντικαθιστώντας τον Μιχάλη Χατζηγιάννη.

Η ανακοίνωση της ομάδας της Σούδας αναφέρει σχετικά:

«Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου Σούδας βρίσκεται στην ευχάριστη θέση να ανακοινώσει, την ανανέωση της επιτυχημένης συνεργασίας με τον προπονητή της ανδρικής ομάδας και των Ακαδημιών Στέλιο Κουκουδάκη για τη νέα ποδοσφαιρική περίοδο 2022-23.

Η ταύτιση απόψεων και φιλοσοφίας, η σοβαρότητα, εργατικότητα και επαγγελματισμός που τον διακρίνει καθώς και η άψογη συνεργασία του με τους ποδοσφαιριστές και τη διοίκηση έχουν εδραιώσει την εμπιστοσύνη στο πρόσωπο του και συνετέλεσαν στη ανανέωση της συνεργασίας μας.

Του ευχόμαστε να είναι πάντα υγιής, προσωπική ευτυχία και μια γεμάτη με επιτυχίες ποδοσφαιρική χρονιά.»