Συνολικά στην τρίτη φάση θα αγωνιστούν οι (δώδεκα) ομάδες που προκρίθηκαν από τις πρώτες δύο (φάσεις), οι ομάδες της Α1 ΕΠΣΗ και οι τρεις της Γ’ Εθνικής.

Εκτός έδρας αποστολές και για τους τρεις εκπροσώπους του Ηρακλείου στην κορυφαία ερασιτεχνική ποδοσφαιρική (Εθνική) κατηγορία σε νοκ άουτ παιχνίδια. Αναλυτικά:

Τετάρτη 11 Δεκεμβρίου
Γαρίπα – ΑΟ Τυμπακίου
Κεραυνός – Γιούχτας

Τετάρτη 18 Δεκεμβρίου
Φαιστός – ΠΟΑ