Ουσιαστικά απέμενε το τυπικό της εκλογής του, καθώς ήταν ο μοναδικός υποψήφιος για την αντικατάσταση του Θοδωρή Ζαγοράκη, για να ακολουθήσει προσωρινά ο Παναγιώτης Δημητρίου.
Ο άλλοτε αντιπρόεδρος και νομικός σύμβουλος της ΚΑΕ Παναθηναϊκός και δικηγόρος του ποδοσφαιρικού ΠΑΟΚ συγκέντρωσε 59 από τις 65 ψήφους.
Η ανακοίνωση για την εκλογή Μπαλτάκου είναι η ακόλουθη:
Με 59 ψήφους, 5 λευκά και 1 άκυρο σε σύνολο 65 ψηφισάντων, ο κ. Παναγιώτης Μπαλτάκος εξελέγη πρόεδρος της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας, στην Ειδική Εκλογική Γενική Συνέλευση των Ενώσεων-Μελών της Ε.Π.Ο.
Μετά το πέρας της εκλογικής διαδικασίας, ο κ. Μπαλτάκος προέβη στην ακόλουθη δήλωση:
«Ευχαριστώ τους πάντες, όσους με υπέδειξαν και όσους συμμετείχαν στη διαδικασία των εκλογών. Από τη στιγμή αυτή δεν υπάρχουν χαμένοι και κερδισμένοι, υπάρχει μόνο σφουγγάρι, ένα σφουγγάρι που σβήνει οτιδήποτε έχει γίνει μέχρι σήμερα. Θα κάνουμε προσπάθεια να αναβαθμιστεί ο ρόλος της ΕΠΟ, να ενισχυθεί η κυριαρχία της στο ελληνικό ποδόσφαιρο, να γίνει ένας οργανισμός εφάμιλλος των Ευρωπαϊκών Ομοσπονδιών.
Σήμερα θα μιλήσω μόνο για το τι σκοπεύω να κάνω σε δύο κρίσιμα θέματα: Τη διαιτησία και την αθλητική δικαιοσύνη.
Για τη διαιτησία, νόμοι αντισυνταγματικοί δεν θα εφαρμόζονται από την ΕΠΟ. Το Σύνταγμα είναι σαφές και προβλέπει σωματειακή αυτονομία. Η ΕΠΟ δεν εφαρμόζει νόμους αντισυνταγματικούς. Έχει μέλη τις ΕΠΣ και είναι μέλος της UEFA. Ακούει τις ΕΠΣ, συνεργάζεται με την UEFA. Ό,τι είναι να γίνει στη διαιτησία, θα το κάνει η ΕΠΟ. Ό,τι δεν το κάνει η ΕΠΟ, απλά δεν θα περάσει. Πάντοτε σε συμφωνία με τη FIFA και την UEFA. Η διαιτησία είναι αποκλειστικά θέμα της ΕΠΟ, κανενός υπουργού. Τελεία και παύλα.
Στην αθλητική δικαιοσύνη πρέπει να βγαίνουν γρήγορα οι αποφάσεις. Θα περάσουμε διατάξεις στο Καταστατικό, ώστε όσες δίκες έχουν αγωνιστικό περιεχόμενο, θα ορίζονται σε δύο μέρες και η απόφαση θα βγαίνει σε τρεις ημέρες. Σύνολο πέντε μέρες. Όποιος δικαστής δεν τηρεί αυτή τη διάταξη θα παύεται από τη Γενική Συνέλευση. Αν δεν μπορεί ο δικαστής να τηρήσει τα χρονοδιαγράμματα, να παραιτηθεί. Αλλιώς θα τον παύσει η ΕΠΟ. Επίσης, ο προϊστάμενος του Πρωτοδικείου δεν θα στέλνει όποιους δικαστές επιθυμεί. Οι δικαστές θα κληρώνονται, όπως συμβαίνει στα πολιτικά δικαστήρια. Είναι απαραίτητες αυτές οι αλλαγές.
Η ΕΠΟ θα διοικηθεί με αυστηρότητα, ταχύτητα και σθένος στη λήψη αποφάσεων. Το προσωπικό θα διοικηθεί με αυστηρότητα και δικαιοσύνη. Όπως είπα και στην αρχή, σφουγγάρι. Όλα ξεκινάνε σήμερα από την αρχή».
Η ανακοίνωση της ΕΠΟ με τις αποφάσεις της Γ.Σ. είναι η εξής:

Με την έγκριση των πεπραγμένων της διοίκησης, τον οικονομικό απολογισμό, τον προϋπολογισμό της επόμενης χρονιάς, τις τροποποιήσεις του Καταστατικού και των Κανονισμών και την Έκθεση των Ορκωτών Λογιστών για την επόμενη χρήση, τα οποία έτυχαν ευρύτατης αποδοχής από το Σώμα, ολοκληρώθηκε η Τακτική Γενική Συνέλευση των Ενώσεων-Μελών της Ε.Π.Ο.
Ειδικότερα:
Ο διοικητικός απολογισμός της Ε.Π.Ο. εγκρίθηκε με 65 «ναι», 2 «όχι» και 2 λευκές ψήφους.
Ο οικονομικός απολογισμός της Ε.Π.Ο. εγκρίθηκε με 67 «ναι», 1 «όχι» και 1 αποχή.
Ο προϋπολογισμός της Ε.Π.Ο. εγκρίθηκε με 67 «ναι» και 2 «όχι».
Οι τροποποιήσεις του Καταστατικού εγκρίθηκαν με 67 «ναι», 1 «όχι» και 1 αποχή.
Η έκθεση των Ορκωτών για την επόμενη χρήση εγκρίθηκε ομοφώνως.




