Ο Κουκουδάκης είχε αναλάβει την τεχνική ηγεσία της Ακαδημίας Ποδοσφαίρου Σούδας στα μέσα Μαΐου 2021 αντικαθιστώντας τον Μιχάλη Χατζηγιάννη.

Η ανακοίνωση της ομάδας της Σούδας αναφέρει σχετικά:

«Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου Σούδας βρίσκεται στην ευχάριστη θέση να ανακοινώσει ότι σύμφωνα με ομόφωνη απόφαση του ΔΣ του σωματείου ανανεώνεται η μέχρι και σήμερα επιτυχημένη συνεργασία με τον προπονητή της ανδρικής Ομάδας και των Ακαδημιών Στέλιο Κουκουδάκη και για τη νέα ποδοσφαιρική περίοδο 2023-24.

Ο επαγγελματισμός, η σοβαρότητα, η εργατικότητα που τον διακρίνουν καθώς και η ταύτιση απόψεων και φιλοσοφίας και η άψογη συνεργασία του με τους ποδοσφαιριστές και τη διοίκηση έχουν εδραιώσει την εμπιστοσύνη στο πρόσωπο του και συνετέλεσαν στην ανανέωση της συνεργασίας μας για ακόμη μια χρονιά.

Του ευχόμαστε να είναι πάντα υγιής, προσωπική ευτυχία και μια γεμάτη επιτυχίες νέα ποδοσφαιρική χρονιά.»