Ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του καριέρα από τον ΟΦΗ το 1990. Μετά από έξι αγωνιστικές περιόδους στην ομάδα του Ηρακλείου, οι σκάουτερ της Φίτεσε του Άρνεμ τον πήραν στο Ολλανδικό πρωτάθλημα το 1996.
Την περίοδο 1997-98 ο Νίκος Μαχλάς κάνοντας εντυπωσιακές εμφανίσεις και σκοράροντας 34 τέρματα σε 32 αγώνες ανακηρύχθηκε πρώτος σκόρερ στην Ολλανδία αλλά και πρώτος σκόρερ στην Ευρώπη κερδίζοντας το χρυσό παπούτσι.
Σαν σήμερα, στις 3 Μαΐου του 1998, πετύχαινε το 34ο (και τελευταίο για εκείνη τη σεζόν) τέρμα του.
Συνολικά ο Νίκος Μαχλάς αγωνίσθηκε στη Φίτεσε από το 1996 έως το 1999 πετυχαίνοντας 60 τέρματα σε 92 εμφανίσεις στο Ολλανδικό πρωτάθλημα, ενώ στη συνέχεια ακολούθησε η θητεία του στον Άγιαξ.
