Ο Μουνάφο ήρθε στη χώρα μας το 2009 για λογαριασμό του Πανθρακικού. Την επόμενη χρονιά ήρθε ως δανεικός στον Πλατανιά (κατέγραψε 25 συμμετοχές στο πρωτάθλημα) και το 2011 επέστρεψε στον Πανθρακικό. Το 2013 μεταγράθηκε στον Αστέρα Τρίπολης (1η θητεία) όπου έμεινε για δύο χρόνια.

Το 2015 επέστρεψε στον Πλατανιά. Φόρεσε τη φανέλα της Χανιώτικης ομάδας για δύο σεζόν αγωνιζόμενος σε 50 ματς σκοράροντας τρεις φορές. Το καλοκαίρι του 2017 επέστρεψε στην Τρίπολη (2η θητεία). Το περασμένο καλοκαίρι έληξε το συμβόλαιό του χωρίς (αρχικά) να ανανεωθεί.

Εν τέλει ο Μουνάφο επιστρέφει στην Τρίπολη. Η σχετική ανακοίνωση του Αστέρα:

«Ο Αστέρας Τρίπολης καλωσορίζει και πάλι τον Juan Manuel Munafo Horta στην οικογένειά του. Γεννημένος στις 20 Μαρτίου 1988 στην πόλη Mendoza της Αργεντινής, ο Munafo ετοιμάζεται για την 5η του σεζόν με τα κιτρινομπλέ του Αστέρα. Ο ποδοσφαιριστής υπέγραψε συμβόλαιο έως το καλοκαίρι του 2021 και επέλεξε τον αριθμό 12 για τη φανέλα του.»

Μουνάφο: Να δημιουργήσουμε ένα δυνατό σύνολο

Χαρούμενος ο Χουάν Μουνάφο με την επιστροφή του στην Τρίπολη κάτι που φαίνεται κι από τις πρώτες δηλώσεις του μετά την υπογραφή του συμβολαίου στην επίσημη ιστοσελίδα της Αρκαδικής ΠΑΕ:

«Καταρχάς θα ήθελα να ευχαριστήσω την οικογένεια του Αστέρα που μου δίνει την ευκαιρία να συνεργαστώ και πάλι με την ομάδα.

Σίγουρα αυτά τα τέσσερα χρόνια που συνεργαστήκαμε ήταν σημαντικά και για τις δύο πλευρές, με ευχάριστες στιγμές.

Το ίδιο θα συμβεί και τώρα και μακάρι να διαρκέσει για μεγάλο χρονικό διάστημα ακόμη.

Θα προσπαθήσω να βοηθήσω την ομάδα να πετύχει τους στόχους τους και όλοι μαζί να δημιουργήσουμε ένα πολύ δυνατό σύνολο.»